Browsing by Title
-
Šašić, Mane (Belgrade , 1966)[more][less]
-
Vukobrat, Mirko (Belgrade , 1978)[more][less]
-
Ćirić, Nevena (Beograd , 2020)[more][less]
-
Grujčić, Kosta (Beograd , 2023)[more][less]
-
Đukić, Dušica (Beograd , 2022)[more][less]
-
Vukićević, Milena (Beograd , 2017)[more][less]
-
Joksić, Nevena (MATEMATIČKI FAKULTET UNIVERZITETA U BEOGRADU , 2010)[more][less]
-
Grujić, Olga (MATEMATIČKI FAKULTET UNIVERZITETA U BEOGRADU , 2009)[more][less]
-
Novaković, Jelena (Beograd , 2016)[more][less]
-
Lukačević, Mirjana (Beograd , 1974)[more][less]
Abstract: Relativisti6ka hidromehanika je po6ela da se razvija 1914. godine; kada je Ajatajn [1] formulisao izraz za tenzor energije relativisti6kog idealnog fluida i izveo njegove diferencijalne dna6ine kretanja,•ograni6iv6i se pri tome na adijabatska strujanja, kada za fluid vazi karakteristi6na jedna6ina koja vezuje pritisak i gustinu. Jednaine kretanja takvog fluida ispitivao je 1924. godine Ajzenhart (Eisenhart) [2]. On je pokaZao da je, .kada se radio adj.• jabatskom strujanju idealnog fluida, mogu6e prona6i. metriku kola je konformna metrici'prostor-vremena, u odnosu na koju strujne:iinije fluida predstavljaju geodezijske linije. Pri tome je utvrdio i oblik skalarne funkcije pomo6u koje se pomenuta konformna metrika uvodi To su, medjutim, bili samo pojedina6ni, iako veoma zna6aj-. ni rezultati iz oblasti relativisti6ke mehanike fluida. Tek 1937. godine pojavljuje se•prvi rad.koji sistematski.izlaZe relativisti6ku teoriju-idealnog•fluidapo uzoru na odgovaraju, 6u klasi6nu teoriju. To je ops6irni Singov.( . L. Synge) rad nRela-r tivisti6ka hidrodinamika" [3]. U njemu actor pre svega izlaze ono to je do tada o relativisti6kom idealnom fluidu bilo poznato, Tret7 postavljajuoi kao i njegovi prethodnici da za fluid van.. karakteri- Virtual Library of Faculty of Mathematics - University of Belgrade elibrary.matf.bg.ac.rs stiena jodnacina koja vezuje sopotveni pritioak i sopstvenu'guStinu. on prihvata od Ajzenharta skalarnu funkciju pomo6u koje se . strujne linije idealnogfluida preslikavaju na geodezijske linije jednog prostora oija je metrika konformna metrici prostor-vremena, i pomoCu nje uvodi svoju funkciju; tzv. funkciju-indeksl ) , koja u relativistiCkoj hidrodinamici igra veoma vaInu ulogu. Pored toga, Sing je u• svome radu uveo i 6itav niz novih pojmova: definisao je kinemati6ku i'dinami6ku cirkulaciju, uveo pojam.kinemati6kog i dinamiekog tenzora vrtlolenja, kinemati6kog dinamiCkog vektor-vrtloga, i definisao je i ispitivao bezvrtloZno strujanje. Izvestan broj definicija iz ()yoga' rada je docnije pretrpeo izmene, pa se 6ak neki pojmovi definisani u njemu i ne pomi- . nju u docnijim radovima, kako Singovim tako i ostalih autora, jer uu pokazalo da 110 predutavijaju relativiutiaa uop6tonja odgovarajuaih klasi6nih pojmova: Tako, recimo, udanaSnjiM radovima ne molemo najoi . na Singovu kinemati6ku'cirkulaciju; kao izraz koji predstavlja relativistieko uopftenje klasi6nog pojma cirkulacije vektora brzine prihvadena je samo njegova dinami6ka cirkulacija, pod imenom cirkulacije vektora toka. Ipak, ovaj Singov rad predstavlja zna6ajan doprinos razvoju relativisti6ke teorije fluida, buduai da je posluZio kao osnovica na kojoj su docniji autori, ukljusoujuOi i samoga Singa4 gradili dalje to teoriju. 1) Funkcija-indeks koju Sing uvodi, i koju tako naziva zbog njene analogije sa klasi6nim indeksom prelamanja.date transparentne sredine, ne razlikuje se bitno od pomenute AjzenhartoVe funkci -• je: samo iz formalnih razloga, umesto da koristi . Ajzenhartovu funkciju qq= ft. 41i1.. leNtil- (gde je ft/ sopstveni pritisak:fluida, a S njegova sopstvena gustina), Sing kao funkciju-indeks defini..6e (f,)=exp(A(p4). U svojim radovima Lihnerovi6 prihvata Singovu funkciju i naziva je indeks fluida. Virtual Library of Faculty of Mathematics - University of Belgrade elibrary.matf.bg.ac.rs -3_ Posle izvesne praznine u literaturi koju je doneo drugi sve-. tski rat, krajem 6etrdesetih, a zatim.pedesetih i 6ezdesetih godina, pojavljuje se atav niz.veoma zna6ajnih radova iz ove oblasti. PomenuCemo; pre svega, Taubove. (A. H. Taub) radove [4],[5] i [6] Koristeei Ekartove (C. Eckart) [7] ideje.o relativisti6koj -termodinamici koje prenosi iz specijalne u .op6tu teoriju relativnosti, Taub se ne ogranieava na adijabatska i izotermi6ka strujanja, pri kojima za fluid vaZi karakteristi6na jednaina kCja vezuje sopstveni pritisak i sopstvenu gustinu, veo posmatra opgiti slu6aj, kada su dve termodinamifte Veli6ine nezavisno 'promenllive. U svojim ra- ___ . _ doVima on, izmedju ostalog, fotmulibe i jedan nov oblik tenzora energije relativisti6kog idealnog fluida. To je oblik u kome se unutra-6nja energija pojaVljuje eksplicitno, aokoji je.veoma pogodan za rad kada uz diferencijalne jedna6ine kretanja• fluida . i uz jedna_inu kohtinuiteta treba, pored .karakteristione jednaane, koristiti i druge termodinami6ke veze. Uporedo sa Taubovim radovima, u literaturi iz toga perioda nailazimo na niz radova A. LihneroviOa. (A. Lichnerowilpz) [8],[93 i njegovih u6enika. U njima autori uzimaju u obzir pojave provodjenja toplote i elektriciteta kroz idealnu fluidnu sredinu, a takodje posmatraju naelektrisani iii namagnetisani idealni fluid.. Tenzor energije koji nalazimo u.njihovim radovima dopunjen je 61anovima koji se odnose na pojave koje smo pomenuli. Veoma znaajno mesto u tim radovima zauzima i Kogijey problem_koji,se postavlja i ispituje u razli6itim slu6ajevima_materijalnih.sredina. Najzad, A. Lihnerovic je prvi koji . je u relativisti6koj teoriji uzeo u obzir unutra6nje trenje, koje postoji izmedju 6estica fluida pri njihovom relativnom pomeranju. Po6to je postavio izraz za tenzor energije relativistiekog viskoznog,fluida, on je, pola7 zea oduslova konzervativnosti toga tenzora, izveo i'diferencijalne jednaane kretanja takve . materijalne sredine i.ispitivao nje- Virtual Library of Faculty of Mathematics - University of Belgrade elibrary.matf.bg.ac.rs no bezvrtloZno strujanje. Relativistieki viskozni fluid koji je uz to i naelektrisan . u svojoj studiji [10] Pion (G. Pichon). Tenzor vis- Prou6avao je koznosti koji nalazimo u njegovom radu ne poklapa se sa izrazom koji za taj tenzor daje Lihnerovie. U odeljku 1.1 ovoga rada govorieemo detaljnije o tome zbog 6ega te izrazi za tenzor viskoznosti kod dvojice pomenutih autora razlikuju. Primena varijacionih principa u relativistiekoj mehanici fluida takodje je razmatrana od nekoliko autora o ko.jima smo ovde govorili. Koliko nam je poznato, ve6 pomenuti Ajzenhartov rad [2] je prvi rad u kome su diferencijalne jedna6ine kretanja relativistiekog idealnog fluida za koji vaIi adijabatska jednanna propene staftja izvedene primenom jednog varijacionog principa. Potpunu. formalnu analogiju toga principa sa Fermaovim principom geometrijske optike istakao je u svome radu [3] Sing. Godine 1954. je Taub [11] formulisao varijacioni princip koji dovodi do jedna6ina polja opfte relativnosti i do jednanna kretanja relativistincog idealnog fluida. Najzad, jedan interesan7 tan prilaz tome pitanju razmatrao je 1970. godine Bernard Suc (Bernard G. Schutz, Jr.) [12] v drle6i se i dalje granica idealnog fluida. Iz ovog kratkog istorijskOg prikaza razvoja relativistieke hidromehanike mote se zapaziti da.je u literaturi uglavnom prow:- eavan relativistieki.idealni fluid; dok upadljivo mali broj radova uzima u - obzir pojavu viskozhosti. Osim dva rada, koje smo ovde citirali, u 6itavoj relativisti6koj:literaturi koja nam je bila • 'dostupna nismo naigli ni na jedan drugi rad u kome se razmatra unutragnje trenje izmedju 6estica .fluida pri njihovom relativnom pomeranju. Pri tome se, kao gto smo Ve64stakli, izrazi za tenzor viskoznosti u dva pomenuta rada razlikuju, izvodjenju jedna6i- ,•a kretanja posmatrane sredine autori polaze od uslova konzervativ- Virtual Library of Faculty of Mathematics - University of Belgrade elibrary.matf.bg.ac.rs nosti tenzora energije, to zna6i da koriste put kojiAe u rela- . tivisti6koj teoriji fluida uobi6ajen.. U ovome radu eemo posmatrati relativistieki viskozni flu- . , sa ciljem da pri izvodjenju diferencijalnih id jednaeina kretanja takve materijalne sredine primenimo tzv. Pfafovu metodu. Primeni Pfafove metode u mehanici i teorijskoj fizici po-. ove6en je veliki broj radova objavljenih u Beogradu krajem•eetrdesetih i pedesetih.godina. Ovde 6emo pomenuti pre svega radove A. Bilimovi6a [133 i [143. Baveoi se pitanjem utvrdjivanja fenomenolOgke osnove za Pfafovu metodu, on je u svojoj monografiji [14] f.ormulisao jedan op'Sti fenomenolaki diferencijalni'princip: Taj princip analizi- ra st. anje posmatranog sistema i uzroke koji izazivaju promenu toga stanja, i na osnovu to analize sastavija jedan matemati6ki izraz u obliku Pfafove forme, iz koga se dobivaju diferencijalne je7 dna6ine kretanja sistema kao Pfafove jedna6ine. On'je zatim primenio Pfafovu metodu na niz problema teorijske mehanike, nebeske • mehanike i geometrijske optike . C14]. Pri izvodjenju diferencijalnih jedna6ina kretanja krutog Lela, zatim osnovnih diferencijalnih jednaeina hidrodinamike i mehanike elasti6nih tela, ovu metodu je koristio T..Andjelie [153, [16], [173. Time je on ukazao na op6tu primenljivost Pfafove me- . tole u dinamici kako krutih tela, tako i deformabilnih sredina. Najzad, u svome radu [18] Dj.. Niu6icki je pokazao da se Pfafova metoda mote koristiti i u teorijskoj fizici. On je izvr6io . generalizaciju Pfafovog izraza i Pfafovih jedna6ina, dokazao Aa i za takav Pfafov izraz i jedna6ine vane sli6ne osobirie kao i za .6an 'Pfafov izraz jednaCine, a.zatim tako generalisana Pfafovu todu primenio u razli6itimoblastima teorijske fizike - termodina- . mici, elektromagnetizmu i'kvantnoj mehanici. . Virtual Library of Faculty of Mathematics - University of Belgrade elibrary.matf.bg.ac.rs Ovaj rad smo podelili na dve glave. U prvoj glavi nam je bio cilj da dodjemo do oblika za tenzor energije relativistiOkog viskoznog fluida. Po!ho .smo u prvom odeljku objasnili 6ta•nas je navelo da se na tome pitanju, kojc je u literaturi ve6 re6avano, ipak zadrZimo, u drugom odeljku raspravljamo koji oblik tenzora brzine deformacije i tenzora vrtlolenja treba usvojiti u relativistiftoj teoriji. Pri tome smo kao osnovicu u na s6im razmatranjima uzeli Zahtev da rezultati do kojih dolazimo moraju biti u skiadu sa postojedom Bornovom definicijom krutosti u opkoj teoriji relativnosti, a takodje i u skiadu sa rezultatima rada [193 o vrstama kretanja Bornovog relativisti6ki krutog tela. U posiednjem, tre6em odeljku prve glave, dolazimo do relativistiOkog tenzora.viskoznosti polaze6i od zahteva da se njegove prostorne komponente u odnosu na sopstveni koordinatni sistem svo- . de na komponente odgovaraju6eg klasiOnog tenzora, dok mu ostale komponente u odnOsu na taj sistem moraju biti .jednake null. Osnovnom pitanju koje u ovom radu razmatramo pitanju primene Pfafove metode u relativistiOkoj mehanici fluida - posve6ena . je druga glava rada. Posle kratkog izlaganja o tome kako je nastala tzv. Pfafova metoda u mehanici, i 6ta predstavlja njenu sadrZinu, u drugom, centralnom odeljku toga dela rada postavlja se izraz za Pfafovu formu koja odgovara posmatranom materijalnom sistemu. Iz toga izraza zatim, pOstupkbm koji Pfafova metoda nalaZe, izvode diferencijalne jednaOine kretanja relativi.stiOkog viskoznog fluida. Dobivene jednaOine, c,je predstavljaju relativistiOko uop6tenje Navije-Stoksovih jedna6ina . klasjOne hidrodinamike, razlikuju se od. odgovaraju6ih jednaina do . kojih jedo6ao Lihnerovi6 [83; to je razumljivo ako se ima u vidu da se tenzor viskoznosti koji je formulisac ne poklapa sa izrazom koji 'sm.() u ovom radu za taj ten- Virtual Library of Faculty of Mathematics - University of Belgrade elibrary.matf.bg.ac.rs zor U tre6em, poslednjem odeljku druge glave, ogranioili smo se na slaaj relativistiftog idealnog fluida za koji van adijabatska • jedna6ina promene stanja. Pokazali smo da se u tome slu6aju Pfafov izraz za deli6 fluidne sredine mote obrazovati na veoma jednostavan naCin, bez potreba da se trai relativisti6ko uop6tenje za.klasi6ni izraz koji predstavlja rad rezultuju6e sile pritiska kojom. okolina na uoceni delic deluje, prilikom njegovog pomeranja. od po- 6etnog do krajnjeg polo2aja. Pri tome fluidnu sredinu moramo posmatrati u prottoru 6ija je.metrika konformna metrici prostor-vremena, a koja se uvodi pomo6u indeksa fluida tako. da strujne linije'. fluida predstavljaju geodezijske linije toga prostora. Najzad, zakljusaujemo da bi sa taj.rezultat pod izvesnim uslovima mogao primeniti i u slu6aju ralativisti6kog . viskoznog fluida. URI: http://hdl.handle.net/123456789/4095 Files in this item: 1
Pfafova_metoda.PDF ( 9.783Mb ) -
Lukačević, Mirjana (Belgrade)[more][less]
-
Jandrlić, Davorka (Beograd , 2016)[more][less]
Abstract: Application of association rule and support vector machine technique for T cell epitope prediction Abstract: Data mining is an interdisciplinary sub eld of computer science, including various scienti c disciplines such as: database systems, statistics, machine learning, arti cial intelligence and the others. The main task of data mining is automatic and semi-automatic analysis of large quantities of data to extract previously unknown, nontrivial and interesting patterns. Rapid development in the elds of immunology, genomics, proteomics, molecular biology and other related areas has caused a large increase in biological data. Drawing conclusions from these data requires sophisticated computational analyses. Without automatic methods to extract data it is almost impossible to investigate and analyze this data. Currently, one of the most active problems in immunoinformatics is T cell epitope identi cation. Identi cation of T - cell epitopes, especially dominant T - cell epitopes widely represented in population, is of the immense relevance in vaccine development and detecting immunological patterns characteristic for autoimmune diseases. Epitope-based vaccines are of great importance in combating infectious and chronic diseases and various types of cancer. Experimental methods for identi cation of T - cell epitopes are expensive, time consuming, and are not applicable for large scale research (especially not for the choice of the optimal group of epitopes for vaccine development which will cover the whole population or personalized vaccines). Computational and mathematical models for T - cell epitope prediction, based on MHC-peptide binding, are crucial to enable the systematic investigation and identi cation of T - cell epitopes on a large dataset and to complement expensive and time consuming experimentation [16]. T - cells (T - lymphocytes) recognize protein antigen(s) only when degradated to peptide fragments and complexed with Major Histocompatibility Complex (MHC) molecules on the surface of antigen-presenting cells [1]. The binding of these peptides (potential epitopes) to MHC molecules and presentation to T - cells is a crucial (and the most selective) step in both cellular and humoral adoptive immunity. Currently exist numerous of methodologies that provide identi cation of these epitopes. In this PhD thesis, discussed methods are exclusively based on peptide sequence binding to MHC molecules. It describes existing methodologies for T - cell epitope prediction, the shortcomings of existing methods and some of the available databases of experimentally determined linear T - cell epitopes. The new models for T - cell epitope prediction using data mining techniques are developed and extensive analyses concerning to whether disorder and hydropathy prediction methods could help understanding epitope processing and presentation is done. Accurate computational prediction of T cell epitope, which is the aim of this thesis, can greatly expedite epitope screening by reducing costs and experimental e ort. These theses deals with predictive data mining tasks: classi cation and regression, and descriptive data mining tasks: clustering, association rules and sequence analysis. The new-developed models, which are main contribution of the dissertation are comparable in performance with the best currently existing methods, and even better in some cases. Developed models are based on the support vector machine technique for classi cation and regression problems. À new approach of extracting the most important physicochemical properties that in uence the classi cation of MHC-binding ligands is also presented. For that purpose are developed new clustering-based classi cation models. The models are based on k-means clustering technique. The second part of the thesis concerns the establishment of rules and associations of T - cell epitopes that belong to di erent protein structures. The task of this part of research was to nd out whether disorder and hydropathy prediction methods could help in understanding epitope processing and presentation. The results of the application of an association rule technique and thorough analysis over large protein dataset where T cell epitopes, protein structure and hydropathy has been determined computationally, using publicly available tools, are presented. During the research on this theses new extendable open source software system that support bioinformatic research and have wide applications in prediction of various proteins characteristics is developed. A part of this thesis is described in the works [71][82][45][42][43][44][72][73] that are published or submitted for publications in several journals. The dissertation is organized as follows: In section1 is illustrated introduction to the problem of identifying T - cell epitopes, the importance of mathematical and computational methods in this area, vii as well as the importance of T - cell epitopes to the immune system and basis for functioning of the immune system. In section 2 are described in details data mining techniques that are used in the thesis for development of new models. Section 3 provides an overview of existing methods for predicting the T - cell epitopes and explains the work methodologies of existing models and methods. It pointed out the shortcomings of existing methods which have been the motivation for the development of new models for the T - cell epitope prediction. Some of the publicly available databases with the experimentally determined MHC binding peptides and T - cell epitope are described. In section 4 are presented new developed models for epitopes prediction. The developed models include three new encoding schemes for peptide sequences representation in the form of a vector which is more suitable as input to models based on the data mining techniques. Section 5 reports results of presented new classi cation and regression models. The new models are compared with each other as well as with currently existing methods for T cell epitope prediction. Section 6 presents the research results of the T - cell epitopes relationship with ordered and disordered regions in proteins. In the context of this chapter summary results are presented which are shown in more detail in the published works [71][82][45][44]. Section 7 concludes the dissertation with some discussion of the potential signi cance of obtained results and some directions for future work. URI: http://hdl.handle.net/123456789/4457 Files in this item: 1
doktorskaTezaDavorkaJandrlic.pdf ( 7.938Mb ) -
Pantić, Dražen (Faculty of Sciences, Belgrade, Serbia , 1982)[more][less]
-
Miličević, Marija (Beograd , 2020)[more][less]
-
Ivanović, Uroš (Beograd , 2022)[more][less]
-
Ivković, Jelena (Beograd , 2022)[more][less]
-
Ilić, Igor (Beograd , 2016)[more][less]
-
Ćetković, Aleksandar (Beograd , 2017)[more][less]
URI: http://hdl.handle.net/123456789/4650 Files in this item: 1
masCetkovicAleksandar.pdf ( 1.866Mb ) -
Popović, Ljubica (MATEMATIČKI FAKULTET UNIVERZITETA U BEOGRADU , 2012)[more][less]
URI: http://hdl.handle.net/123456789/1982 Files in this item: 1
master teza Lj. Popovic.pdf ( 7.774Mb ) -
Stojiljković, Jelena (Beograd , 2023)[more][less]
URI: http://hdl.handle.net/123456789/5666 Files in this item: 1
v1_masterJelenaStojiljkovic.pdf ( 1.136Mb )